En general, hay dos clases de virus. La primera clase incluye los que infectan ficheros, adjuntos a ficheros de programa ordinarios. Estos infectan arbitrariamente archivos *.COM y/o *.EXE, aunque algunos pueden infectar cualquier programa para el que la ejecución sea requerida, como por ejemplo para los ficheros *.SYS, *.OVL, *.PRG y *.MNU.

Los infectores pueden ser de acción directa o residentes. Un virus de acción directa selecciona uno o varios programas para infectar cada vez que que el programa que lo contiene es ejecutado. Uno residente se esconde en alguna parte de la memoria la primera vez que un programa infectado se ejecuta, y después infecta a otros programas cuando son ejecutados o cuando se reúnen ciertas condiciones. La mayoría de los virus son siempre residentes.

La segunda categoría es la de los que infectan ficheros de sistema o sector de arrqnque. Estos virus, que infectan el código ejecutable que se encuentra en ciertas áreas de sistema en un disco, no son ficheros comunes. En los sistemas DOS, hay virus de sector de arranque ordinarios, que solamente infectan al sector de arranque del DOS, y virus de MBR que infectan al sector de arranque principal (Master Boot Record) de discos duros y el sector de arranque de DOS de disquetes.

Finalmente, unos cuantos virus son capaces de infectar a ambos. Habitualmente son denominados virus multipartitos, aunque este nombre ha sido objeto de críticas. Otro nombre aceptado es el de virus de fichero y arranque .

Los virus de fichero de sistema o de grupo (cluster) son aquellos que modifican las entradas a la tabla de ficheros (FAT) para que el virus se cargue y ejecute antes de que lo haga el programa solicitado en ese momento. Hay que tener en cuenta que dicho programa en sí no es alterado físicamente, siéndolo unicamente su entrada en la FAT.